Structurée autour du Recteur et de son équipe, et encadrée par des textes statutaires et réglementaires, la gouvernance de l'Université se caractérise par son aspect collégial et démocratique. Le fonctionnement de l'Université s'effectue par le biais d'organes tels que les Conseils, Comités et Commissions qui regroupent, selon les cas, des représentants des personnels enseignants, des personnels administratifs, des étudiants et/ou des personnalités extérieures.

Ces différents organes, selon leur nature, émettent des avis, formulent des propositions ou rendent des décisions exécutoires sur les différentes questions qui intéressent l'établissement.

Les sections disciplinaires du Conseil d’Administration, compétente à l'égard des personnels pour l'une et à l'égard des étudiants pour l'autre, sont à même de prononcer des sanctions à l'encontre d'auteurs d'infractions aux règlements.

L'ensemble des actes tels que les arrêtés du Recteur de l'Université, les délibérations du Conseil d'Administration et les décisions des sections disciplinaires fait l'objet d'une publicité par sa publication au sein de l'intranet.